Лично я никогда не использую для этого пикселы (px). Чаще всего, я указываю шрифт body в pt (10pt — идеальный размер), а все остальные размеры проставляю уже в em. Если очень хочется, что размер шрифта body тоже можно указывать в em — тогда получиться вообще замечательно.
В противовес своему мнению, предлагаю прочитать статью «CSS Font-Size: em vs. px vs. pt vs. percent» на Хабрахабре, где лучшим способ был выбран процент.Можно еще ключевым словом задавать: large, x-large, small и т.д.
Про это можно почитать в еще теплой статье на css-tricks.
В противовес своему мнению, предлагаю прочитать статью «CSS Font-Size: em vs. px vs. pt vs. percent» на Хабрахабре, где лучшим способ был выбран процент.